Hochauflösende Kartierung von Zelltypen mit verbesserter Einzelzell-Sequenzierung

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Die Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-seq) hat die Fähigkeit zur Charakterisierung von Zelltypen und ihrer Genexpressionsprogramme in Organismen und Geweben revolutioniert.

Obwohl große Verbesserungen im zellulären Durchsatz erzielt wurden, leiden die Methoden im Allgemeinen unter einer geringen Empfindlichkeit und Quantifizierung, die auf kurze RNA-Stücke beschränkt ist.

Jetzt haben Forscher des Karolinska Institutet Smart-seq3 veröffentlicht, das die Qualität der scRNA-seq stark verbessert.

Die Studie ist in Nature Biotechnology veröffentlicht.Das Verständnis der grundlegenden Zelltypen, aus denen die komplexen Gewebe und Organe unseres Körpers bestehen, hat sich mit den Einzelzellmethoden dramatisch verbessert.

Die Zellen werden nach ihren Genexpressionsprofilen gruppiert, die die Zelltypen innerhalb der analysierten Proben aufgedeckt haben.

Je mehr Zellen analysiert werden und je höher die Qualität der einzelnen Zellen ist, desto grösser sind die Chancen, seltene Zelltypen, Subtypen oder sogar transientere Zellzustände zu identifizieren.Smart-seq ist eine der beliebtesten Methoden zur Erzeugung von Einzelzell-RNA-Sequenzierungsdaten.

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Es wurde wegen seiner hohen Empfindlichkeit und seiner Fähigkeit, die gesamte Länge der RNA-Transkripte abzudecken, ausgiebig genutzt.

Wissenschaftler des Karolinska Institutet haben jetzt Smart-seq3 veröffentlicht, eine stark verbesserte Iteration dieser beliebten Smart-seq-Einzelzellmethode mit dramatisch erhöhter Sensitivität (d.h.

sie sequenzieren einen größeren Anteil aller in den Zellen vor der Lyse vorhandenen RNAs).

Wichtig ist, dass Smart-seq3 auch einen neuen Ansatz zur Zählung von 5′-Endmolekülen unter Beibehaltung der vollständigen Transkriptabdeckung bietet, was die rechnerische Rekonstruktion der gezählten RNA-Sequenz auf einzigartige Weise ermöglicht.

Anhand der vollständigen RNA-Sequenz der Transkripte lässt sich erkennen, wie die RNA prozessiert wurde (z.B.

durch alternatives Spleissen der kodierenden Teile) und ob die RNA aus der Genkopie (Allel) der Mutter oder des Vaters generiert wurde.”RNAs zählen und rekonstruieren zu können, wird sehr wichtig sein für Studien zur Transkriptionsdynamik und….

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