Sezieren des Mechanismus der Proteinentfaltung durch SDS

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Zerlegung des Mechanismus der Proteinentfaltung durch SDSForscher an der University of Illinois at Urbana-Champaign haben Molekulardynamik-Simulationen verwendet, um zu verstehen, wie Natriumdodecylsulfat die Entfaltung von Proteinen verursacht.

Das SDS wird häufig in Labors verwendet, um Proteine zu trennen und ihr Molekulargewicht zu bestimmen.

Es ist jedoch noch unklar, wie SDS die Proteinstruktur beeinflusst.

Die Arbeit “Protein-Entfaltung durch SDS: die mikroskopischen Mechanismen und die Eigenschaften des SDS-Proteinaufbaus” wurde in Nanoscale veröffentlicht.”Unsere Studie deckte die mikroskopischen Details auf, wie diese Wechselwirkungen in mehreren Millionstelsekunden ablaufen”, sagte David Winogradoff, ein Postdoc-Forschungsmitarbeiter in der Aksimentiev-Gruppe.

Wir stellten physikalisch jedes einzelne Atom dar, das im System vorhanden war, und wir taten dies bei hohen Temperaturen, um den Prozess der SDS-Bindung an das Protein sowie die Entfaltung zu beschleunigen”.Die Forscher setzten mehrere Supercomputer ein, um Simulationen der SDS-Protein-Wechselwirkungen zu erstellen.

” Mit diesen verschiedenen Supercomputern konnten wir unsere Studien über den Zeitraum von einer Woche statt eines Jahres abschließen”, sagte Aleksei Aksimentiev, Professor für biologische Physik und Fakultätsmitglied des Beckman Institute for Advanced Science and Technology.Die Simulationen halfen ihnen zu verstehen, wie SDS die Entfaltung von Proteinen verursacht und in welchem Ausmaß sich die Proteine entfalten.

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Unsere Studien zeigen, dass es Bereiche von Proteinen gibt, die exponiert sind, und Bereiche, die um das SDS gewickelt sind, wie Perlen auf einer Schnur”, sagte Aksimentiev.Obwohl die Simulationen detaillierte Einblicke in die Wechselwirkungen geben, waren sie zu kurz, um das Gleichgewicht zwischen dem an die entfalteten Proteine gebundenen SDS und dem in der umgebenden Lösung gelösten SDS zu untersuchen.

Die Methode der Molekulardynamik erlaubt es uns, feine molekulare Details zu liefern, die für andere Techniken unzugänglich sind”, sagte Winogradoff.

“SDS wird schon seit langer Zeit verwendet.

Unsere Studie ermöglicht neue Anwendungen von SDS als Entfaltungsmittel zur Erleichterung von Protein….

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