Studie verbessert Ein-Zell-Transkriptom-Profiling

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Mit dem Ziel, sicherzustellen, dass bei der Einzelzell-RNA-Sequenzierung die bestmöglichen Methoden eingesetzt werden, hat eine internationale Gruppe ein Benchmarking von 13 Methoden durchgeführt.

Die Gruppe unter der Leitung von Holger Heyn vom Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) in Spanien fand heraus, dass die Quarz-Sekunden-Methode, die von einem Team des RIKEN-Zentrums für Biosystemdynamik-Forschung entwickelt wurde, insgesamt die beste Methode zur Sequenzierung von einzelliger RNA war.

Die Forschung wurde in Nature Biotechnology veröffentlicht.Die Gruppe begann das Projekt aus der Sorge heraus, dass in der Vergangenheit ein mangelndes Benchmarking der für die Genomanalyse verwendeten Methoden zu Problemen im späteren Verlauf des Prozesses geführt hat, da verschiedene Gruppen unterschiedliche Methoden mit unterschiedlichen Standards und Ergebnissen verwendeten.

Vor diesem Hintergrund haben sich mehrere Gruppen, die an der Analyse von Einzelzell-RNA arbeiten, zusammengeschlossen, um verschiedene Methoden zu evaluieren, um eine gute Reproduzierbarkeit zu gewährleisten.Die Einzelzell-DNA-Sequenzierung gilt als das nächste große Projekt in der Genomforschung.

Zunächst versuchte die Genomforschung, beispielhaft für das Humangenomprojekt, die DNA-Sequenz zu bestimmen, die in allen Zellen eines jeden Organismus zu finden ist.

Aber was die Sache kompliziert macht, ist, dass, obwohl die Zellen in einem Organismus denselben DNA-Code teilen, die Zellen in Wirklichkeit alle phänotypisch unterschiedlich sind, weil unterschiedliche Gene auf der Grundlage epigenetischer Faktoren exprimiert oder nicht exprimiert werden.

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Es gibt enorme Unterschiede in der Expression von genetischen Regionen, die als Promotoren und Enhancer bezeichnet werden und die nicht direkt Proteine kodieren, sondern auf andere genetische Regionen wirken.

Das Verständnis des genetischen Aufbaus einzelner Zellen würde es ermöglichen, zu erkennen, wie sich einzelne Zellen bei Erkrankungen wie Krebs unterscheiden und wie sich die Zellen während des Entwicklungsprozesses verändern.

Gegenwärtig arbeiten die am Atlas der menschlichen Zellen beteiligten Forscher an der Entwicklung eines umfassenden Atlas der Genexpression in verschiedenen Zelltypen.Für den Vergleich verwendete die Gruppe die 13….

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