Technologien konvergieren auf interagierenden Oberflächen in Proteinkomplexen

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Forscher am Stowers Institute for Medical Research haben eine Methode verfeinert, um Oberflächen innerhalb großer Multiproteinkomplexe zu lokalisieren, die nahe beieinander liegen und wahrscheinlich in direkter Wechselwirkung miteinander stehen.In einem Artikel, der am 14.

April 2020 in Cell Reports online veröffentlicht wurde, beschreiben Mitglieder des Washburn Lab die Kombination von drei Ansätzen – Affinitäts-Tag-Proteinreinigung, chemische Vernetzung mit hochauflösender Massenspektrometrie und rechnergestützte molekulare Modellierung mit Proteindocking – zur Erfassung von Informationen über benachbarte Oberflächen innerhalb des Sin3/HDAC-Proteinkomplexes.”Wenn wir all diese Teile zusammenfügen, erhalten wir eine neue Perspektive, wie Proteinkomplexe zusammengesetzt werden”, mit dem Potenzial, schneller mehr Informationen zu liefern, erklärt Dr.

Michael Washburn, Direktor des Stowers Proteomics Center.”Die Fähigkeiten sind alle vorhanden und wurden ein wenig gemeinsam genutzt, aber noch nicht in großer Zahl”, sagt Washburn.

Es ist sicherlich komplementär zu bestehenden Techniken wie Kernspinresonanz (NMR), Kryo-Elektronenmikroskopie (EM) und Röntgenkristallographie, um wirklich zu verstehen, wie sich Proteinkomplexe zusammensetzen und wie sie wirklich interagieren.

Was passiert, wenn man sie mit Medikamenten oder Mutationen stört?”Der Sin3/HDAC-Komplex funktioniert beim Chromatin-Umbau und in der menschlichen Krebsbiologie, indem er Histondeacetylasen (HDACs) an bestimmte Stellen im Genom bringt und Acetylgruppen von Histonschwänzen entfernt und dadurch die Gentranskription unterdrückt.

Obwohl die Komponenten des Sin3/HDAC-Komplexes gut definiert sind, waren hochauflösende Beschreibungen des großen Multiproteinkomplexes mit einer einzigen Technologie nur schwer zu erreichen.Das Problem mit der Massenspektrometrie allein, so Dr.

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Charles Banks, ein Forschungsspezialist im Washburn Lab und Miterstautor der Arbeit, “ist, dass wir nur die Proteine in der Röhre identifizieren können.

Wir wissen nichts darüber, welche Proteine physikalisch….

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