Über die Herkunft von Fäkalien: CoproID sagt Quellen alter Kot zuverlässig voraus

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Die Herkunft von Kot: CoproID sagt Quellen alter Kot zuverlässig vorausDie archäologischen Aufzeichnungen sind mit Kot übersät, einer potenziellen Goldgrube für Erkenntnisse über die Gesundheit und Ernährung im Altertum, die Evolution der Parasiten und die Ökologie und Evolution des Mikrobioms.

Das Hauptproblem für Forscher besteht darin, festzustellen, wessen Kot untersucht wird.

In einer kürzlich in der Zeitschrift PeerJ veröffentlichten Studie unter der Leitung von Maxime Borry und Christina Warinner vom Max-Planck-Institut für die Wissenschaft der Geschichte der Menschheit (MPI-SHH) wird CoproID vorgestellt: eine zuverlässige Methode zur Ableitung von Quellen von Paläofeces.Maschinelles Lernen ermöglicht zuverlässige KlassifizierungNach Tausenden von Jahren kann es schwierig sein, die Quelle eines bestimmten Kotstücks zu bestimmen.

Die Unterscheidung zwischen menschlichen und Hundekot ist besonders schwierig: Sie sind in Größe und Form ähnlich, kommen an denselben archäologischen Stätten vor und haben eine ähnliche Zusammensetzung.

Darüber hinaus standen Hunde in vielen alten Gesellschaften auf dem Speiseplan, und unsere hündischen Freunde neigen dazu, menschliche Exkremente zu fressen, was einfache Gentests problematisch macht, da solche Analysen die DNA beider Spezies zurückgeben können.Um Zugang zu den im Kot enthaltenen Erkenntnissen zu erhalten, entwickelten die Forscher coproID (coprolite identification).

Die Methode kombiniert die Analyse alter Wirts-DNA mit einer maschinellen Lernsoftware, die an den Mikrobiomen in modernen Fäkalien trainiert wurde.

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Durch die Anwendung von CoproID sowohl auf neu sequenzierte als auch auf bereits publizierte Datensätze konnte das Forscherteam des MPI-SHH, der Harvard University und der University of Oklahoma die Quellen alter Fäkalien zuverlässig vorhersagen und zeigen, dass eine Kombination aus Wirts-DNA und den unterschiedlichen Kolonien von Mikroben, die im Inneren von Mensch und Hund leben, eine genaue Unterscheidung ihrer Fäkalien ermöglicht.Ein unerwartetes Ergebnis unserer Studie ist die Erkenntnis, dass die archäologischen Aufzeichnungen voller Hundekacke sind”, sagt Professor Christina Warinner, Seniorautorin der Studie.

Aber Warinner erwartet auch, dass CoproID breitere Anwendungsmöglichkeiten haben wird,….

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